São mais de 20 missões em ambientes variados, como pântanos, vulcões, desfiladeiros e desertos. Além de equipar o exército de Patapons, coletar recursos e transformar a tribo em uma força devastadora, é imprescindível ter em mente uma estratégia para obter a vitória. Há vários tipos de guerreiros que, por sua vez, têm à disposição armas e escudos, sendo que algumas peças raras para complementar o arsenal, de vez em quando (e com sorte), aparecem pelo caminho. São seis as batidas utilizadas para comandar as tropas Patapon e, uma vez combinadas, elas criam cadeias de ritmo fundamentais para vencer as forças Zigoton. As missões envolvem tarefas como caçar, escoltar e explorar as fases. Há ainda cinco minigames musicais que servem para ganhar bônus, melhorias e posicionar melhor as tropas no campo de batalha. O visual bidimensional vibrante dos personagens foi bolado por Rolito, um popular artista gráficos francês, e o game incorpora formas abstratas, ambientes coloridos e chefes enormes.
